Zu Beginn von Sonics neuer Reise ist er mit seinen Freunden Amy und Tails unterwegs zu den Starfall Islands, auf der Suche nach Chaos Emeralds. Als sie sich den Inseln nähern, gerät ihr Flugzeug in Turbulenzen und sie werden in ein Dimensionsportal gesogen. Sonic wird von seinen Freunden getrennt und erwacht in einer merkwürdigen digitalen Welt: dem Cyberspace. Wie durch ein Wunder entkommt er dem Cyberspace und landet auf Kronos Island, einer der Starfall Islands. Hier befinden sich uralte Ruinen und zahlreiche seltsame Feinde.  Nun liegt es an Sonic, Starfall Islands zu erkunden, seine Freunde wiederzufinden und die Geheimnisse um ihn herum zu untersuchen.