Der neue Austauschstudent der Shujin Akademie in Tokyo ist kein unbeschriebenes Blatt. Zumindest sagen dies die Gerüchte. In Wahrheit wurde der Held aus Persona 5 eines Verbrechens in seiner korrumpierten Heimatstadt beschuldigt, das er nie begangen hat. Jetzt muss er mit der Strafe leben und sich bedeckt halten, um weiteren Ärger mit der verdorbenen Gesellschaft zu vermeiden. Doch schon bald stellt er fest, dass er über eine übernatürliche Gabe verfügt, die ihn ins sogenannte Metaverse reisen lässt. Dort kämpft der Held zusammen mit einer Gruppe von anderen Außenseitern – den Phantomdieben – gegen die dunklen Schatten im Inneren der Menschen, löst kniffelige Rätsel und entdeckt die grausigsten Geheimnisse. Im Metaverse stoßen die Spieler – und Phantomdiebe – auf die namengebenden Personas, die der Ursprung aller übernatürlichen Kräfte sind. Die Phantomdiebe müssen in Persona 5 allerdings auch noch ein Doppelleben als ganz gewöhnliche Teenager führen, den Schulunterricht besuchen, Freizeitaktivitäten unternehmen und Nebenjobs ausüben.