Im Jahr 1615 ergreift ein neuer Shogun die Macht in Japan und versucht, landesweit Frieden wiederherzustellen. In seinem Kampf gegen die Rebellion rekrutiert er fünf Experten mit herausragenden Fähigkeiten im Meuchelmord, der Sabotage und Spionage. Zu diesem Team gehört Hayato, ein agiler Ninja, der seine Gegner lautlos mit Schwert und Shuriken einzeln aus dem Weg räumt. Der Samurai Mugen geht rabiater ans Werk und kann mehrere Feinde zugleich besiegen, büßt dabei aber an Beweglichkeit ein. Während Aiko als Geisha eine Meisterin der Tarnung ist und Feinde ablenken kann, legt das Straßenkind Yuki Fallen aus und lockt die Gegner von ihren Posten in ihr tödliches Schicksal. Takuma setzt dagegen auf sein Scharfschützengewehr und widmet sich den Feinden aus der Distanz. Der Spieler muss seine Möglichkeiten sinnvoll abwägen, um siegreich aus den kniffligen Missionen hervorzugehen: Wie sollen die Charaktere zusammen agieren? Welcher Protagonist eignet sich für welche Situation? Wie können sich die Helden die Umgebungen zunutze machen? Nur mit taktischem Kalkül lassen sich die Feinde überlisten und die Aufträge erfolgreich abschließen.